Вердер Бремен основан 4 февраля 1899 года. После многочисленных региональных успехов и завоеваний кубка, его первый национальный успех пришел с победой в Кубке Германии в 1961 году. Когда в 1962 году была создана Бундеслига, то Бремен стал чемпионом ее второго сезона в 1965 году.
Клуб покинул Бундеслигу в 1980 году на один сезон и вернулся туда со своим новым тренером Отто Реххагелем для новых побед: второе место в 1983 и 1986 годах, и еще одно звание чемпиона в 1988 году. В Кубке Германии Вердер выходил в финал в 1989 и 1990 годах, но окончательно победил в 1991 году. В последующем Европейском Кубке Кубков Бремен также был успешен и выиграл его в 1992 году. В 1993 году Вердер стал чемпионом в третий раз. Кубок Германии был выигран снова и на следующий год, 1994.
В 1995 году Рехагель ушел из команды, чтобы тренировать Баварию Мюнхен, и это привело к кризису, который был разрешен только в 1999 году с приходом нового тренера Томаса Шаафа. Бремен выиграл у Баварии в финале Кубка. Последующие годы клуб закрепился в верхней половине таблицы лиги.
В 2004 году, спустя пять лет при Томасе Шаафе, Вердер завоевал свой 4-й титул чемпиона. Команда вырвалась на 9 очков вперед и имела две игры в запасе, перед выездной игрой с вечным соперником — Баварией. Вердер победил 3:1 и оформил чемпионство. Чуть позже победили команду из Второй Бундеслиги Алеманию (Аахен) 3:2 в финале Кубка Германии. Это был 5-й кубок в истории клуба. В итоге, в 2004 был сделан золотой дубль (его добивались только четыре команды в Германии).
В 2009 году команда пробилась в финал Кубка УЕФА, но проиграла в овертайме донецкому «Шахтеру» — 1:2. Но зато выиграла в финале кубка Германии у леверкузенского Байера — 1:0, завоевав 6-й кубок в своей истории.
Чемпион Германии: 1965, 1988, 1993, 2004. Серебряный призер чемпионата Германии 7: 1968, 1983, 1985, 1986, 1995, 2006,2008. Бронзовый призер чемпионата Германии 5: 1989, 1991, 2005, 2007, 2010. Обладатель Кубка Германии 6: 1961, 1991, 1994, 1999, 2004, 2009. Обладатель Суперкубка Германии 5: 1988, 1993, 1994, 2006, 2009. Обладатель Кубка Кубков 1: 1992 года. Финалист Кубка УЕФА: 2009.
